सिप्रोफ्लॉक्सिन हे क्विनोलोन वर्गातील असून त्याचा एंटरोबॅक्टर, स्यूडोमोनास एरुगिनोसा, हिमोफिलस इन्फ्लूएंझा, नेसेरिया गोनोरी, स्ट्रेप्टोकोकस, लेजिओनेला आणि स्टॅफिलोकोकस ऑरियस या जीवाणूंवर प्रतिजैविक प्रभाव असतो. सिप्रोफ्लॉक्सिनमध्ये व्यापक-स्पेक्ट्रम प्रतिजैविक क्रियाशीलता आणि चांगला जीवाणूनाशक प्रभाव असतो. जवळजवळ सर्व जीवाणूंवरील त्याची प्रतिजैविक क्रियाशीलता नॉरफ्लॉक्सिन आणि एनोक्सासिनपेक्षा २ ते ४ पट अधिक शक्तिशाली आहे.